En Europe, vers la fin d'un XIXe siècle imaginaire et très gothique, le jeune exorciste Allen Walker appartient à un ordre spécial créé par le Vatican, appelé Congrégation de l'Ombre. L'objectif de cet ordre est de détruire des démons appelés Akuma (arme créé avec l'âme d'un mort et le corps d'un de ses proches), ainsi que leur créateur, le Comte Millénaire, dont le but est de d'anéantir le monde et la race humaine. Pour mener à bien ce combat, les exorcistes disposent chacun d'une Innocence, sorte d'arme personnelle fantastique extrêmement rare.