L'histoire se déroule en Angleterre, au XIXème siècle, et nous parle du jeune Comte Ciel Phantomhive, un aristocrate, âgé de 12 ans et ayant perdu ses parents dans un mystérieux incendie. Il devient l'héritier de l'entreprise de jouets et friandises Phantom. Il habite dans un étrange manoir avec ses domestiques.
On apprendra que son fidèle majordome nommé Sebastian est en fait un démon des enfers avec qui il aurait passé un pacte. En effet, selon le contrat, il lui aurait offert son âme en échange de sa protection jusqu'à l'accomplissement de sa vengeance. Le signe du pacte se trouve à son œil droit qu'il garde toujours caché sauf lorsqu'il a besoin de faire appel à son majordome protecteur. C'est ainsi que Ciel et son majordome se mettent à résoudre différentes énigmes de meurtres et autres énigmes en général surnaturelles sur ordre de la reine Victoria du Royaume-Uni. Il est aussi très perspicace et sûr de lui (pour son âge) lorsqu'il s'agit de mener une enquête...
Néanmoins le mystère reste omniprésent dans la série. Pourquoi Ciel a-t-il donc passé un tel pacte ? Qu'est-il vraiment arrivé à ses parents ? Quel est donc le mystère pesant sur sa famille ?